അഞ്ചുവർഷം ഭരണത്തിലിരുന്ന ആദ്യ കോൺഗ്രസിതര പ്രധാനമന്ത്രിയാണ് വാജ്‌പേയി. കോൺഗ്രസുകാരല്ലാത്ത ആദ്യ പ്രധാനമന്ത്രി മൊറാർജി ദേശായി രണ്ടേകാൽ വർഷമാണ് അധികാരത്തിലിരുന്നത്. മറ്റു കോൺഗ്രസ് ഇതര പ്രധാനമന്ത്രിമാരായ ചരൺ സിങ്, വി.പി.സിങ്, ചന്ദ്രശേഖർ, എച്ച്.ഡി. ദേവെഗൗഡ, ഐ.കെ. ഗുജ്‌റാൾ എന്നിവർ ഒരു വർഷത്തിൽ താഴെ മാത്രമാണ് അധികാരത്തിലിരുന്നത്. ചരൺ സിങ്ങിനാകട്ടെ, പ്രധാനമന്ത്രിയെന്ന നിലയിൽ പാർലമെന്റിനെപ്പോലും അഭിമുഖീകരിക്കാതെ ഒരു മാസത്തിനുള്ളിൽ രാജിവയ്ക്കേണ്ടിവന്നു. പ്രധാനമന്ത്രിയെന്ന നിലയിൽ വാജ്‌പേയിക്ക് ആദ്യത്തെ രണ്ടു വർഷം സുഖകരമായിരുന്നില്ല. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഏറ്റവും വലിയ പ്രശ്‌നം ഘടകകക്ഷികളായിരുന്നു.
എഐഎഡിഎംകെയുടെ ജയലളിത പിന്തുണ പിൻവലിച്ചതാണ് ആദ്യത്തെ വാജ്‌പേയി സർക്കാർ നിലംപതിക്കാനിടയാക്കിയത്. എന്നാൽ, കാർഗിൽ യുദ്ധം നടന്നതോടെ സ്‌ഥിതിമാറി. ലഹോർ ബസ് യാത്രയിലൂടെ ലോകശ്രദ്ധ പിടിച്ചുപറ്റിയ ശേഷം വന്ന കാർഗിൽ യുദ്ധം വാജ്‌പേയിയെ അടുത്ത തിരഞ്ഞെടുപ്പിൽ അധികാരത്തിലേറാൻ സഹായിച്ചു. ‘യുദ്ധത്തിലും സമാധാനത്തിലും നേതാവ്’ എന്നായിരുന്നു ബിജെപിയുടെ മുദ്രാവാക്യം.
വാജ്‌പേയി പ്രധാനമന്ത്രിയായിരുന്ന അഞ്ചുവർഷക്കാലം ബിജെപിയുടെ നാലു പാർട്ടി പ്രസിഡന്റുമാരെ കണ്ടു. കുശഭാവു ഠാക്കറെയായിരുന്നു ആദ്യം. പിന്നീടു ബംഗാരു ലക്ഷ്‌മൺ വന്നു. തെഹൽകയിൽ തട്ടി ബംഗാരു വീണപ്പോൾ ജന കൃഷ്‌ണമൂർത്തിയായി അടുത്ത പ്രസിഡന്റ്. പിന്നീട് പ്രസിഡന്റ് സ്‌ഥാനം വെങ്കയ്യ നായിഡുവിന്റെ കൈകളിലെത്തി. തെഹൽക ആരോപണം വന്നപ്പോൾ വാജ്‌പേയി മന്ത്രിസഭ വീഴുമെന്നു കരുതിയവരുണ്ടായിരുന്നു. എന്നാൽ, ജോർജ് ഫെർണാണ്ടസ് പ്രതിരോധമന്ത്രിസ്‌ഥാനം രാജിവച്ചതിൽ അതൊതുങ്ങി. അദ്ദേഹം തിരിച്ചുവരികയും ചെയ്‌തു.
ആർഎസ്‌എസുമായുള്ള ബന്ധമായിരുന്നു തുടക്കത്തിൽ വാജ്‌പേയി നേരിട്ട മറ്റൊരു മുഖ്യപ്രശ്‌നം. രാജേന്ദ്ര സിങ് സംഘത്തിന്റെ തലവനായിരുന്നിടത്തോളം വാജ്‌പേയിക്കു നല്ല ബന്ധമായിരുന്നു. എന്നാൽ, സുദർശൻ ആ സ്‌ഥാനത്തെത്തിയതോടെ സർക്കാരും ആർഎസ്‌എസും തമ്മിൽ പലപ്പോഴും ഏറ്റുമുട്ടലിന്റെ പാതയിലായി. ഒരു രാഷ്‌ട്രീയ നേതാവ് എന്ന നിലയിൽനിന്നു പ്രഗത്ഭനായ രാഷ്‌ട്രതന്ത്രജ്‌ഞൻ എന്ന നിലയിലേക്കു വാജ്‌പേയി ഉയർന്ന സന്ദർഭങ്ങളുമുണ്ടായിരുന്നു. ലഹോർ യാത്രയ്‌ക്കുശേഷം കാർഗിൽ തിരിച്ചടിയുണ്ടായിട്ടും പാക്കിസ്‌ഥാൻ പ്രസിഡന്റ് മുഷറഫിനെ ചർച്ചകൾക്കു ക്ഷണിച്ചത് അതിനൊരു തെളിവാണ്.
ജമ്മു കശ്‌മീരിൽ തിരഞ്ഞെടുപ്പു നടത്താനുള്ള തീരുമാനവും നാഗാ കലാപകാരികളുമായി ചർച്ച നടത്താനുള്ള തീരുമാനവും ശ്രദ്ധിക്കപ്പെട്ടു. സാമ്പത്തികരംഗത്ത് 1991ൽ പി.വി. നരസിംഹറാവു തുടങ്ങിവച്ച ഉദാരവൽക്കരണത്തെ മുന്നോട്ടുകൊണ്ടുപോകാൻ വാജ്‌പേയിക്കു കഴിഞ്ഞത് രാജ്യത്തെ മുന്നോട്ടു നയിച്ചുവെന്നു വിലയിരുത്തപ്പെടുന്നു.