സമസ്തയും സിഐസിയും തമ്മിലുള്ള പ്രശ്നങ്ങളും തർക്കങ്ങളും ഇപ്പോൾ തുടങ്ങിയതല്ല. സിഐസി ആരംഭിച്ച സമയത്തു തന്നെ ബിരുദം നൽകുന്നതുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് പ്രശ്നം ആരംഭിച്ചിരുന്നു. സമസ്തയുടെ ആശയ–ആദർശങ്ങൾക്ക് അനുസരിച്ചേ പ്രവർത്തിക്കൂ, സമസ്തയുടെ അധ്യക്ഷൻ സിഐസിയുടെ ഉപദേശക സമിതി അംഗമായിരിക്കും തുടങ്ങിയവ സിഐസിയുടെ പ്രവർത്തനച്ചട്ടങ്ങളിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു. വഫിയ്യ കോഴ്സുകൾ പഠിക്കുന്ന വിദ്യാർഥിനികൾ കോഴ്സ് പൂർത്തിയാക്കിയ ശേഷമേ വിവാഹം കഴിക്കാവൂ എന്ന നിബന്ധനയും ഇതിലുണ്ടായിരുന്നു. ഈ നിബന്ധന പാടില്ലെന്നും വിവാഹത്തിൽ ഇളവ് നൽകണമെന്നുമുള്ള സമസ്തയുടെ നിർദേശം സിഐസി തള്ളി. ഇതോടെ ഉപദേശക സമിതിയുടെ നിർദേശം സിഐസി തള്ളുകയാണെന്ന് ആരോപണം ഉയർന്നു. ഇതിനു പുറമേ ഹക്കീം ഫൈസി ആദൃശ്ശേരിക്ക് ആശയ വ്യതിയാനം സംഭവിച്ചെന്നും അദ്ദേഹത്തിന്റെ ആശയങ്ങളിൽ പുത്തൻ വാദങ്ങൾ കടന്നു വന്നെന്നും അത് സുന്നി ആശയങ്ങൾക്ക് വിരുദ്ധമാണെന്നും സമസ്ത ആരോപിച്ചു.